Sen vybudovat v krajské metropoli zázemí pro vzdělávání budoucích doktorů však poprvé vyslovil lékař a plzeňský rodák Otakar Kutvirt už v roce 1920.

Šance na vznik vysoké školy přišla až v roce 1945. Zřízení fakulty se iniciátorům, mezi nimiž byli i studenti, povedlo za neuvěřitelných 70 dní. Roli hrála především potřeba doplnit po válce prořídlé řady lékařů. Zakládací dekret podepsal 27. října prezident Eduard Beneš.

Rozjezd vzdělávání v Plzni provázely počáteční těžkosti. Fakultě chybělo vedení, učitelé, učebnice i materiální vybavení. Mnozí vysokoškoláci proto zahájili studium v Praze, poté přestoupili na západ Čech. První přednáška se konala 6. prosince.

Půvosdní sirotčinec
- sirotčinec byl v Plzni založen v roce 1879, stěhoval se na různá místa
- otevření nového ústavu se uskutečnilo v roce 1931
- určen byl pro 150 dětí, 130 z nich tvořili školáci, zbytek předškoláci (dívkyi chlapci)
- jako sídlo teoretických ústavů lékařské fakulty slouží od roku 1945 

Deset dní nato už otevřela fakulta své zázemí, jež odborníci získali v budově bývalého Jubilejního okresního dětského domova v Plzni (dnešním Procháskově ústavu). Do vedení se postavil Ivo Mačela.

První promoce se uskutečnila už v roce 1946, nicméně až od roku 1950 šlo o posluchače, kteří absolvovali kompletní studium na plzeňské fakultě.

Výzkumná činnost i mezinárodní spolupráce byla po nástupu komunistického diktatury značně omezena. I přesto na fakultě působila řada špičkových odborníků (viz některé vybrané osobnosti v levé tabulce). Zároveň vznikla některá nová pracoviště, centrální laboratoře i celé vědecké školy (například fyzikální, chirurgická, farmakologická aj.).

Oproti skromným počátkům, kdy se přednášek účastnilo zhruba 200 posluchačů, dnes škola vzdělává více než 2000 mladých lidí. Od svého založení už zde vystudovalo přibližně 10 tisíc lékařů, kteří působí v tuzemsku i zahraničí.

V posledních letech se fakulta stále rozrůstá. Důkazem je otevření Biomedicínského centra nedaleko Fakultní nemocnice Plzeň. Výzkumné pracoviště je plně srovnatelné se špičkovými evropskými institucemi. Vědci se zde soustředí především na výzkum a vývoj v oblasti nahrazování a regenerace orgánů.

Vybrané osobnosti fakulty

- František Vaníček (1897-1993) zavedl celorepublikové očkování proti tuberkulóze BCG vakcínou
- Jaroslav Jerie (1894 – 1981) založil Ústav soudního lékařství, zasadil se o zavedení povinných ochranných přileb pro motocyklisty
- Josef Vaněk (1915 – 1990) proslavil se objevem parazita Pneumocystis carinii, jenž je původcem zánětu plic
- Jaromír Mysliveček (1922 – 1997) se věnoval výzkumu centrální nervové soustavy
- Jaroslav Slípka (1926 – 2013) se stal uznávaným histologem a embryologem
- Jiří Heřt (1928 – 2014) anatom, který spoluzaložil společnost Sisyfos zaměřenou proti nevědeckým teoriím
- Karel Bobek (1909- 1964) ovlivnil způsob léčby trombóz a plicních embólií
- nefrolog Karel Opatrný (1954 – 2006) a zakladatel registru dárců kostní dřeně Vladimír Koza
(1954 – 2012)