Hejdánek začal studovat matematiku na Univerzitě Karlově, nakonec přešel na filozofii a sociologii. Podílel se na činnosti křesťanského sdružení mládeže (YMCA). Byl pronásledován komunistickou tajnou policií StB. V roce 1971 byl půl roku ve vazbě, poté byl odsouzen. V období normalizace organizoval bytové semináře, na nichž sám přednášel a kam si zval zahraniční hosty. Patřil k prvním signatářům a mluvčím Charty 77. Po revoluci přednášel filozofii.