Původně vzniklo v roce 1930 jako připomínka kultu místního rodáka, světce Jana Nepomuckého. Komunistický režim ho ale po 20 letech fungování uzavřel. Obnovené muzeum otevřel kardinál Dominik Duka, díky němuž také do muzea na několik hodin přicestoval relikviář sv. Jana Nepomuckého s jednou z nejcennějších českých relikvií – částí světcovy tkáně. Relikviář je součástí Svatovítského pokladu. Muzeum je rozděleno do čtyř místností, které představují život a dobu svatého Jana, mýty a ikonografii spojené s jeho osobou. Jsou tu k vidění sošky, upomínkové předměty z poutí, obrázky, knihy, relikviáře, monstrance, obrazy či barokní nástroje z kostelního kůru.